El pastor Juan Marcos Vargas Samaniego nació en el Paraguay en el seno de una familia de obreros. En 1999 culminó Profesorado de Inglés en el Caribbean Union College – Andrews University Afiliation de Trinidad y Tobago.
En el año 2007 se graduó en Teología y Administración en el Centro Universitario Adventista de San Pablo (UNASP) – Brasil. Y en el año 2016 culminó la posgraduación en Comunicación Corporativa en el Centro Universitario Adventista de San Pablo (UNASP) – Brasil. En los últimos años realizó diversas especializaciones en el área de pre producción, producción, pos producción, fotografía y cinematografía. Comenzó su ministerio en el 2007 como pastor en varios distritos pastorales en el estado
de Maranhão – Brasil y desde el 2010 se desempeñó como director de Multimedia y Comunicación en la Asociación Maranhense en São Luis, Brasil. En la actualidad se desempeña como director de Comunicación de la Unión Paraguaya y director de Radio Nuevo Tiempo en Asunción – Paraguay. El pastor Juan Marcos está casado con Jaqueline Vargas con quien tiene dos hijos: Jonathan Brian y Julia Yasmín.